जलापहाड़ छावनी परिषद एक औषधलाया बरकरार रखता है। संविदात्मक आधार पर एक आरएमओ है। औषधि में मामूली उपचार किया जाता है और प्रमुख उपचार दार्जिलिंग जिला अस्पताल को संदर्भित किया जाता है। कैंट बोर्ड कर्मचारी और उनके आश्रितों को कैंट बोर्ड डिस्पेंसरी के माध्यम से चिकित्सा सुविधाओं और मुफ्त दवाओं के साथ प्रदान किया जाता है। स्कूल के बच्चों, कर्मचारियों, वरिष्ठ नागरिकों और पोलियो टीकाकरण के लिए एक स्वास्थ्य जांच शिविर समय-समय पर आयोजित किया जाता है।
वर्ष 2019 के लिए निवासियों, वरिष्ठ नागरिकों और स्कूल के बच्चों के लिए एक सामान्य स्वास्थ्य जांच वर्ष के दौरान की गई थी। जलपाहर कैंट के जनता के बीच स्वास्थ्य जागरूकता फैलाने के लिए अंतर्राष्ट्रीय योग दिवस मनाए गए। स्वच्छ भारत अभियान मनाया गया है और इस कैंट के कर्मचारियों, निवासियों, छात्रों के बीच स्वच्छता का संदेश फैल गया है।